Colegio de Santa Cruz được thành lập bởi các tu sĩ dòng Phanxicô vào ngày 6 tháng 1 năm 1536 với mục đích chuẩn bị cho các cậu bé người Mỹ bản địa thụ phong linh mục Công giáo. Sinh viên được đào tạo tại Colegio là những người đóng góp quan trọng cho công việc của Franciscan Bernardino de Sahagún trong việc tạo ra Florentine Codex - bộ mười hai tập lịch sử chung hoành tráng về những điều của Tân Tây Ban Nha.

Colegio được xây dựng theo lệnh của Dòng Phanxicô theo sáng kiến ​​của Chủ tịch Audiencia Sebastián Ramírez de Fuenleal , Giám mục Don Juan de Zumárraga và Phó vương Don Antonio de Mendoza trên địa điểm của một trường học Aztec , dành cho con trai của các quý tộc. Nó được khánh thành vào ngày 6 tháng 1 năm 1536, tuy nhiên, nó đã là một trường học kể từ ngày 8 tháng 8 năm 1533.

Việc thành lập một trường học như vậy để đào tạo nam thanh niên cho chức tư tế đã gây tranh cãi lớn, với sự phản đối đặc biệt đến từ các anh em tu sĩ Đa Minh và được người đứng đầu dòng đó, Fray Domingo Betanzos. Betanzos khi phản đối Colegio đã nói rằng người Mỹ bản địa biết tiếng Latinh có thể vạch trần sự thiếu hiểu biết của các linh mục châu Âu. Ngay sau đó, Franciscan Bernardino de Sahagún đã viết một bài bảo vệ mạnh mẽ năng lực của người da đỏ, phản bác lại ý kiến ​​của những người nghi ngờ khả năng của người da đỏ không chỉ học ngữ pháp Latinh mà còn nói và sáng tác trong đó. Ông tiếp tục bác bỏ những lo ngại về khả năng người da đỏ truyền bá dị giáo.

Mục đích ban đầu của Colegio là đào tạo một nam giới chức tư tế bản địa, và vì vậy các học sinh được chọn từ những gia đình danh giá nhất của tầng lớp thống trị Aztec. Những thanh niên này được dạy để biết chữ Nahuatl , tiếng Tây Ban Nha và tiếng Latinh , đồng thời được hướng dẫn bằng tiếng Latinh về âm nhạc, hùng biện, logic, triết học và y học bản địa. Một sinh viên được đào tạo tại Colegio là nhà thực vật học Nahua Martín de la Cruz, người đã viết Libellus de Medicinalibus Indorum Herbis - một cuốn sách minh họa các loại thảo mộc.

Sáu mươi sinh viên nam đầu tiên là một nhóm nhỏ con trai của các gia đình quý tộc. Sau đó, trường có nhu cầu nhiều học sinh hơn, vì vậy các tu sĩ dòng Phanxicô đã tích cực tuyển dụng những người khác từ các thị trấn ở miền trung Mexico, chủ yếu là các cậu bé từ 10 đến 12 tuổi. Các học sinh sống ở Colegio trong hoàn cảnh rất khiêm tốn. Khu ăn uống chung và chỗ ngủ với giường chỉ có chiếu và chăn đặt trên các bục gỗ cá nhân để học sinh không bị nền nhà ẩm ướt. Trong số học sinh nổi bật ở đây thì không thể không kể đến Thẩm phán Tây Ban Nha Alonso de Zorita, tác giả của Life and Labour in Ancient Mexico: the Brief and Summary Relation of the Lords of New Spain được hỗ trợ bởi các bản dịch của cùng một học sinh khác của trường là Pablo Nazareno.

Hiện nay thì ngôi trường này đã không còn hoạt động nữa. Tuy nhiên, di sản mà nó để lại là vô cùng lớn lao:

• Việc đào tạo những thanh niên ưu tú tại Colegio về ngữ pháp, hùng biện và thần học đã hỗ trợ rất nhiều cho các tu sĩ dòng Phanxicô trong nỗ lực truyền giáo cho người da đỏ và ghi lại lịch sử và văn hóa bản địa trong các văn bản vẫn là nền tảng cho sự hiểu biết về văn hóa Nahua.
• Thất bại của nó vào cuối thế kỷ 16 là một thất bại nghiêm trọng nhưng cũng để lại nhiều bài học cho cách quản lý đất nước sau này.